貞源寺は、関が原の戦いの翌慶長６年（1601）年、慶誉春公上人によって開創された浄土宗の寺院です。
記録によりますと、開創時の様子は次のようなものです。春公上人は、三河国（愛知県東部）、浄土真宗東正寺の住職で、（後の）徳川家康が尊敬し帰依していました。
平素から家康は、「自分が天下を取ったら都に寺を建ててやるから、訪ねてくるがいい」と言っていました。
その言葉どおり、天正１８年（1590）、豊臣の大名として関八州を治めるべく江戸城に移り、後に天下人となります。
春公上人は、約束どおり本尊・阿弥陀如来立像を背負って上京し、人を介して家康を訪ねますがナシのつぶて。
ある日、家康が鷹狩をするという話を聞き、狩りをしている江戸城曲輪に訪ね、「約束どおり上京しました」と言うと、家康はにわかには思い出せず、春公上人が委細を話したところようやく思い出し、その場で、馬の鞭で地面に四角く線を引き「ここに寺を建てよ」と言ったというのです。

これが「貞源寺は慶長６年、江戸城曲輪内で建立された」ということの内容だと『文政寺社書き上げ』に書かれています。
以降、江戸城の区画整理でお茶の水に移転し、そこで明暦３年（1657）、俗に言う振袖火事で被災し浅草・松葉町（現在の台東区松が谷）に移転しました。
浅草といえば上野のすぐ近く。
享保年間、幕府から「上野に神君さま（家康）をお祭りしている東照宮があるのに、そのお膝元に東正寺（とうしょうじ）という寺があるのは紛らわしい。寺名を変えよ」といわれました。

本寺である増上寺（現在の港区芝）に相談しましたところ、時の住職・学誉冏鑑（げいかん）大僧正から「東正寺は、家康公と因縁のある寺であるから、同じく家康公から帰依されていた増上寺の中興・観智国師の法名である貞蓮社源誉から貞源寺と名乗るがいい。東正の寺名は院号とせよ」と言われ、貞源寺と名乗るようになりました。

現在は、永康山東正院貞源寺と称しています。
紆余曲折を経て大正１２年、関東大震災に被災します。貞源寺第１７世仁誉学道上人（姓は以降「藤木」）の代です。浅草は寺町で十分な敷地もないことから、かねてより東京府豊玉郡野方村沼袋（現在の中野区沼袋）に移転を計画し、墓石の半分近くを移していた時点での被災だったそうで、現在の地での再建となりました。
１４年後の昭和１２年（1937）、都内でも有数の伽藍を再建し、かねての寺名に由来した東照幼稚園も開園しました。
しかし昭和２０年空襲に遭います。東京の下町は３月１０日の空襲が語り継がれていますが、当地の辺りは５月２４日の空襲でした。学道上人は、自分の代で２度も大きな災害（火災）に遭遇したことになります。それまで山号は栄康山（文字は榮康山）と称していましたが、「榮」という字は“火”が２つもある、もう火はこりごりだということで、以降「永康山」と記すことにしたそうです。

昭和30年（1955）、学道上人が遷化し、嫡子・浄誉宏清上人（現在も健在）が第18世として住職を継承し、同54年（1979）、長男・源誉芳清上人に第19世として継承しました。
平成16年（2004）、芳清上人が遷化したため、10ヶ月間の宏清上人代務住職を経て同17年（2005）、二男・康誉雅清が第20世の法灯を継承し、現在に至っています。